Met POP bestaat geen synchronisatie met de mailserver, met POP haal je alleen de inbox van de mailserver binnen en blijven er geen mails achter op de mailserver die je kunt zien met de webmail, behalve als je met POP een kopie achterlaat op de mailserver ingesteld in de instellingen van het mailprogramma.
Met IMAP kijk je op de mailserver en haal je niet alles binnen op je computer, je ziet wel alle mappen die je gemaakt hebt, het best is om mappen te maken in de webmail, die zie je dan in je mailprogramma en kun je vullen met mails.
Als je b.v. mappen maakt in Outlook of mogelijk ook in andere mailprogramma's, dan komen die niet altijd goed door in de mailserver en zijn dan ook niet te zien in de webmail.
Als je met IMAP een account sluit, dan ben je waarschijnlijk alle mail kwijt, want dan verdwijnt de verbinding met de mailserver en waarschijnlijk ook de mogelijk opgeslagen mails op je computer.
TIP: Maak altijd eerste een backup van alle mails voor je iets gaat wijzigen in een mailprogramma op je computer, in een oogwenk kunnen je mails verdwenen zijn als je niet de juiste protocols gebruikt of iets niet volgens de juiste stappen uitvoert.