Ik heb waarschijnlijk wel een verklaring. Je gebruikt zowel pop als imap als protocol om mail op te halen van de mailserver.
Pop (Post office Protocol v3) werkt als een postkantoor. Als jij de post ophaalt verdwijnt hij oorspronkelijk meteen van de server. Alleen passen veel email progamma's een instelling toe waardoor de mail niet meteen van de server verdwijnt, maar pas na een periode bijvoorbeeld 3 weken of een maand.
Bij imap (Internet Message acces protocol) Wordt de mail centraal op de server bewaard en heeft het mail programma slechts een kopie van de bestanden lokaal, voor het geval dat de server niet te bereiken is.
Wat er dus bij jou gebeurt is dat de pop gebruikende programma de mail regelmatig weggooit op de mailserver. Omdat de mailserver leidend is voor het IMAP gebruikende programma gooit hij ze ook weg zodra hij met de mailserver gaat synchroniseren.
Oplossing: even alle mailprogramma's nalopen dat ze allemaal op IMAP staan. Denk ook aan telefoons/tablets en andere apparaten waarop je mail kan ontvangen.